پژوهشکده تاریخ، هم زمان با تاسیس پژوهشگاه فعالیت خود را آغاز کرده است. این بخش، یکی از قدیمی‌ترین قسمت‌های پژوهشگاه است که پیش از انقلاب اسلامی با عنوان «انجمن تاریخ» و پس از آن با نام «گروه تاریخ» با اعضای هیئت علمی وابسته و پیوسته به صورت کاملاً منسجم مشغول به کار بوده است. انجمن تاریخ پیش از انقلاب اسلامی ایران سلسله کنگره‌های تحقیقات ایرانی و مجموعه نشست‌های علمی ایران شناسی را با همکاری و همیاری استادان برگزار می کرد. استادان برجسته‌ای چون زنده یادان دکتر جهانگیر قائم مقامی، دکتر عبدالحسین نوایی، دکتر عبدالحسین زرین کوب، دکتر عباس زریاب خویی، محمدتقی دانش پژوه، مجتبی مینوی، ابراهیم پورداوود، دکتر محمدجواد مشکور، دکتر بهرام فره وشی، عباس پرویز، دکتر خانبابا بیانی، احمدخان ملک ساسانی و محمد محیط طباطبایی اعضای شورای علمی انجمن تاریخ بودند. کتاب‌ها ارزنده این استادان با تأیید شورای انجمن تاریخ چاپ شده است. کتابخانه بزرگ و غنی انجمن تاریخ، امروز بخش بزرگی از کتاب های کتابخانه پژوهشگاه را تشکیل می‌دهد.

پس از انقلاب اسلامی و با ادغام دوازده مرکز تحقیقاتی و فرهنگی و تشکیل مؤسسه مطالعات و تحقیقات فرهنگی، انجمن تاریخ با نام گروه تاریخ به کار خود ادامه داد. گرچه شمار زیادی از استادان دار فانی را وداع گفتند، استادان بزرگی چون زنده یاد محمد اسماعیل رضوانی، احمد بیرشک، احمد تفضلی، حسین خدیو جم، دکتر اسماعیل دولتشاهی با گروه تاریخ و سپس پژوهشکده تاریخ همکاری داشتند. به دنبال آن، استادان برجسته‌ای چون دکتر احسان اشراقی، دکتر عنایت الله رضا، دکتر اللهیار خلعتبری، دکتر شیرین بیانی، دکتر محمدتقی امامی خویی، دکتر علی اصغر مصدق رشتی به جمع استادان و مشاوران پژوهشکده تاریخ پیوستند.